Assembleia Geral: órgão máximo de deliberação e formulação de políticas da SMDH, constituído por todos os seus associados, devendo reunir-se anualmente em caráter ordinário e extraordinariamente quando se fizer necessário, instalando-se com um quórum mínimo de metade mais um dos sócios que estiverem em pleno gozo de seus direitos;
Conselho Diretor: composto por três membros efetivos e três suplentes eleitos por um período de dois anos; coordena a execução das políticas e deliberações aprovadas pela Assembleia Geral, zelando pelo cumprimento dos Estatutos e dos planejamentos anuais da entidade, além de buscar e desenvolver políticas de sustentação financeira para a entidade;
Conselho Consultivo: constituído por cinco pessoas engajadas na luta pelos Direitos Humanos, associados ou não à SMDH; emite parecer sobre as políticas adotadas pela entidade, em nível da cooperação multi e bilateral, ou da articulação com movimentos sociais, organizações governamentais e ONGs, nacionais e/ou internacionais, além de opinar sobre questões suscitadas pelo Conselho Diretor e pelas equipes de trabalho.
